1937 m. Japonijos kariuomenė pajudėjo iš Šanchajaus ir užpuolė Nankiną, kuris buvo Kinijos Respublikos sostinė. Chiang Kai-Shek, kuris buvo respublikos prezidentas, įsakė savo elitinėms kariuomenėms evakuotis. Vyriausybė taip pat judėjo aukštyn Jangdzės upe. Kariuomenės vadovai manė, kad geriau kariauti nusidėvėjimo karą su geriausiais kariuomenės viduje, nei leisti sunaikinti kariuomenę Nandzinge. Tačiau miesto ginti liko dešimtys tūkstančių karių. Jiems buvo įsakyta ginti miestą iki mirties. Civiliai bandė bėgti, tačiau daugelis buvo sugauti mieste, nes tiltai, keliai ir transportas iš Nankino buvo sugriauti ir siekiant sulėtinti Japonijos veržimąsi į priekį ir išlaikyti kariuomenę bei civilius mieste.
Pasakojimai apie miesto užgrobimą tiek mieste gyvenančių užsieniečių, tiek pačių kinų – plačiai paplitęs prievartavimas ir beprasmis civilių žudymas. Apskaičiavimai, kiek kinų žuvo per šešias savaites po to, kai japonai užėmė miestą, labai skiriasi. Mirčių skaičiaus skaičiavimai skiriasi. Tai buvo sunku žinoti, nes daugelis kūnų buvo sudeginti degančiuose namuose ir pastatuose, o daugelis buvo išmesti į upes. Buvo daug plėšimų ir nusikalstamų veikų prieš karius ir civilius. Gal būtų buvę geriau, kad valdžia būtų padėjusi civiliams bėgti ir leisti kariuomenei išsigelbėti. O gal kova iki mirties, įvykusi ir Šanchajuje, ir Nandzinge, padarė įspūdį japonams, kurie taip pat buvo žinomi dėl kovos iki mirties Antrajame pasauliniame kare.
Mauzoliejus nurodo, kad per žudynes žuvo 300 000 žmonių. Kiti skaičiavimai svyruoja nuo mažiau nei 200 000 iki daugiau nei 300 000 nužudytų žmonių. Dalis skirtingų įvertinimų priežasčių yra ta, kad kai kurie skaičiavimai taikomi visam Nankino savivaldybės regionui, o kai kurie – tik pagrindiniam miesto centrui.
Memorialą 1985 m. pastatė Nankino savivaldybės valdžia, o 1995 m. jis buvo pratęstas.